Az ODFIE szervezeti felépítése kétszintű: az alapfokot az egyházközségi ifjúsági egyletek és a nem  egyházközségi alapon szerveződő tagcsoportok (a továbbiakban együttesen: fiókegyletek) képezik,  amelyek működését az ODFIE vezető testületei segítik: a Küldöttgyűlés, a Választmány, az Ügyvezető Testület és az Elnökség.

 

Az ODFIE legfőbb kormányzó szerve az általában évente egyszer ülésező Küldöttgyűlés, végrehajtó és  ügyintéző  testülete a Választmány, valamint  az azt kiegészítő Ügyvezető Testület.  Folyó  ügyekben  az  Elnökség dönt és intézkedik, ugyanez látja  el a szervezet képviseletét is.

 

A Küldöttgyűlés tagjai a fiókegyletek képviselői és a Választmány tagjai.  A Választmány tagságát a tisztségviselőkből (elnök, főtitkár, 2 alelnök) álló Elnökség, továbbá az egyházköri képviselők (6 x 2) és az ifjúsági lelkészek (6 x 1) képezik.